Agjencia është strukturë unike dhe e centralizuar. Ajo ushtron veprimtarinë e saj në nivel qendror dhe vendor pranë subjekteve të përcaktuara në nenin 5 të ligjit nr.128/2021 “Për Agjencinë e Mbikëqyrjes Policore”.
Në nivel qendror, Agjencia përfaqësohet nga Drejtoria e Përgjithshme, me përgjegjësi administrative, menaxheriale dhe operacionale, e cila ushtron veprimtarinë e saj në territorin e Republikës së Shqipërisë.
Drejtoria e Përgjithshme ushtron këto detyra:
- a) kryen inspektime;
- b) kryen veprimtari parandaluese dhe hetimore;
- c) pranon ankesa të qytetarëve dhe merr masa për verifikimin e trajtimin e tyre;
ç) përgatit studime, harton në mënyrë periodike analiza risku ose analiza të tjera për
realizimin e misionit të saj;
- d) udhëheq, mbështet dhe mbikëqyr veprimtarinë e strukturave vendore;
- dh) informon publikun në lidhje me zbatimin e detyrave të përcaktuara në ligj, si dhe në legjislacionin përkatës për të drejtën e informimit;
- e) bashkëpunon me agjencitë e zbatimit të ligjit dhe struktura shtetërore për ruajtjen e pastërtinë e figurës, parandalimin dhe zbulimin e veprave penale;
ë) bashkëpunon me strukturat kombëtare, ndërkombëtare, si dhe organizatat jofitimprurëse, që kanë për mision monitorimin e standardeve të respektimit të lirive dhe të drejtave të njeriut;
- f) përpunon dhe analizon të dhënat e mbledhura deri në masën që është e nevojshme për përmbushjen e detyrave e funksioneve të saj;
- g) planifikon e menaxhon buxhetin dhe burimet e tjera financiare, infrastrukturën dhe bazën materiale teknike që ka në administrim;
- gj) njofton Komisionerin për të Drejtën e Informimit dhe Mbrojtjen e të Dhënave Personale për llojin e të dhënave që krijon dhe administron për qëllimin e këtij ligji;
- h) kryen çdo detyrë tjetër në zbatim të këtij ligji dhe legjislacionit në fuqi.
Në nivel vendor, Agjencia përfaqësohet nga Drejtoritë Rajonale, që janë struktura teknike operacionale dhe administrative, e cila kryen këto funksione:
- a) planifikon dhe kryen hetime brenda juridiksionit territorial të saj, sipas veprimtarisë së Agjencisë;
- b) përpunon dhe analizon të dhënat e mbledhura nga Agjencia për përmbushjen e detyrave e funksioneve të saj;
- c) administron ankesa të qytetarëve dhe kryen në kohë verifikimin e trajtimin e tyre;
ç) mbikëqyr veprimtarinë e subjekteve që kryejnë veprimtari të përhershme apo të përkohshme në juridiksionin territorial që mbulon;
- d) kryen çdo detyrë tjetër në zbatim të ligjit dhe legjislacionit në fuqi.
Struktura dhe organika e Agjencisë miratohen me urdhër të Kryeministrit, me propozim
të ministrit përgjegjës për çështjet e rendit dhe sigurisë.